صُمِّم الهيكل التنظيمي للهيئة بشكل يضمن إدارة أنشطتها الأساسية بكفاءة وفعالية. ويسمح هذا الهيكل بالتواصل الواضح واتخاذ القرارات الفعّالة وإدارة الموارد بكفاءة، مما يضمن عمل جميع الإدارات بشكل متماسك لدعم مهمة الهيئة في تعزيز أمن الطاقة والتكامل الاقتصادي بين دول مجلس التعاون لدول الخليج العربية.